Pendirian MaPPI bisa dikatakan bermula dari serangkaian diskusi kecil di kantin kampus sekitar akhir 1999. Diskusi informal tersebut berisi berbagai kegundahan beberapa mahasiswa tingkat akhir Fakultas Hukum Universitas Indonesia atas kondisi peradilan Indonesia, khususnya terkait perilaku aparat penegak hukum dan putusan pengadilan yang semakin memprihatinkan. Dengan maksud untuk mengkonkritkan berbagai gagasan yang muncul dalam diskusi tersebut, Joshua Siahaan, Aspardi, Arun Probowinoto dan Asep Rahmat Fajar akhirnya mendirikan Masyarakat Pemantau Peradilan Indonesia (MaPPI).
Secara faktual MaPPI mulai beraktifitas pada pertengahan 2000, dengan salah satu kegiatan awal adalah melakukan pemantauan atas persidangan kasus korupsi dengan terdakwa mantan Presiden Soeharto. Dari salah satu rumah kost di daerah Margonda dengan sarana prasarana sumbangan dari pengurusnya, MaPPI yang kala itu sudah mempunyai beberapa orang peneliti mulai memproduksi kajian akademik dan menyampaikannya kepada publik. Akhirnya sejak saat itu aktifitas pemantauan peradilan dan kajian atas berbagai perilaku aparat hukum serta putusan pengadilan dalam berbagai kasus mulai dilakukan secara lebih rutin.
Sebagai lembaga yang digagas dari nol oleh sekelompok mahasiswa n lulusan baru, MaPPI tidak luput dari berbagai kesulitan klasik yang sering kali menghadang lembaga baru. Dalam periode membentuk dan menjalankan aktifitas awal itu untungnya banyak pihak, baik akademisi hukum, praktisi hukum maupun senior yang telah lebih dahulu beraktifitas di dunia lembaga swadaya masyarakat yang dengan penuh keikhlasan bersedia menjadi teman diskusi dan memberikan masukan untuk kebaikan organisasi. Bahkan Alm Bang Buyung (praktisi hukum), Pak Suhadibroto (mantan jaksa agung muda dan anggota KHN) dan Ibu Harkristuti Harkrisnowo (akademisi hukum) akhirnya menjadi dewan penasehat organisasi
Dalam perjalananan di tahun pertamanya, salah satu pemikiran yang sering muncul saat diskusi informal sebelum pendirian dahulu bahwa MaPPI juga harus bisa menjadi laboratorium bagi mahasiswa fakultas hukum untuk menerapkan ilmu hukum yang dipelajarinya di kelas dalam kasus konkrit kembali mengemuka. Akhirnya setelah melalui diskusi yang panjang dan perenungan yang dalam, pendiri dan pengurus MaPPI sepakat untuk mencoba menawarkan gagasan tersebut kepada Fakultas Hukum Universitas Indonesia. Gayung bersambut, fakultas hukum yang dalam pertemuan awal dihadiri oleh Pak Kurnia Toha menerima dengan baik gagasan tersebut dan akhirnya sejak tahun 2000, MaPPI menjadi lembaga otonom di bawah Fakultas Hukum Universitas Indonesia bernama MaPPI FHUI.
Sejak itu MaPPI FHUI terus melakukan berbagai kegiatan pemantauan, penelitian dan advokasi seputar isu peradilan dan hukum. Dalam melakukan semua aktifitas tersebut tidak jarang MaPPI melakukannya bersama-sama dengan organisasi lain. Tercatat MaPPI pernah membentuk dan menjadi koordinator Koalisi Pemantau Kejaksaan, yang terdiri dari berbagai organisasi di berbagai daerah. Selain itu MaPPI juga pernah menjadi koordinator dan saat ini masih terlibat dalam berbagai aktifitas Koalisi Pemantau Peradilan, yang merupakan gabungan dari berbagai organisasi di Jakarta.